Пахомий бил на 20 години, когато постъпил на военна служба, поради започналата война. Той нямал желание да бъде войник, но бил принуден и да остави родителския дом и да отиде на война.

По пътя войниците се спрели в един град, където имало мното християни. Те ги приели с радост и любов и им оказали всякаква помощ. Трогнат и учуден от техния прием, Пахомий ги запитал, защо са така милостиви, и получил отговор, че те са християни. Пръв път Пахомий чул това название. Той започнал да разпитва за тях и научил, че християните са добри и честни люде, на които техния Бог заповядал да обичат своите ближни – всички човеци и да бъдат милосърдни.

След като се завърнал от войната, приел св. Кръщение и решил да се оттегли в пустинята и да търси ръководството на опитен духовен старец. Това било времето на ранното монашество в Египет, когато по примера на св. Антоний Велики мнозина избрали пътя на пустинничеството. Такъв бил отшелникът Паламон, който се подвизавал в Тиваидската пустиня и се славел със свят живот. Старецът се съгласил да приеме Пахомий, който започнал да му подражава в изнурителното, но благодатно отшелничество.

Пахомий често се отдалечавал от своето жилище за да се моли в усамотение. Веднъж в местността Тавена, близо до реката Нил, по време на молитва, той чул глас, който му казал: „Посели се тук и построй манастир, и ще се съберат при тебе много иноци“, а пред него застанал ангел в образ на отшелник, който държал в ръката си дъска с написан устав за иночески живот.

С благословението на стареца Паламон Пахомий си построил малка килия в Тавена, където продължил да се подвизава и след смъртта на учителя си. Денонощно водел невидимата духовна битка и с Божията помощ побеждавал в нея. Подвизите му не останали скрити и при него започнали да прииждат ученици. Пахомий ги приемал с любов и след изпитание ги постригвал в иночески чин. Мъдро ги наставлявал и винаги се натоварвал с най-тежката работа като давал пример на братството.

Числото на братята се увеличавало постоянно и Пахомий написал за тях устав. Този строг писмен устав с монашески правила бил първият в историята и станал образец за бъдещите монашески устави в цялото Християнство. От инока се искало пълно отричане от собствената воля. Той нищо не можел да прави без благословението на игумена и всичко бил длъжен да върши с молитва.

Когато броят на братята нараснал още повече, Пахомий ги разделил на няколко обители, избрал най-способните да ръководят и ги назначил за игумени. Някои вече съществуващи манастири също минали под негово ръководство.

В 348 г. преподобни Пахомий събрал многбройните си учениците, поучил ги, благословил ги и след двудневно боледуване предал душата си Богу. Заради големите му заслуги като образцов монашески духовен ръковнодител и заради неговия устав, който не е загубил значението си и до днес, св. Пахомий Велики се възхвалява като баща на общежитийното монашество.