В това време твърде много се засилила иконоборческата ерес. Лъв Исаврянин и синът му Константин V Копроним яростно преследвали почитателите на светите икони. Из църквите и домовете изнасяли св. икони и ги изгаряли по площадите или ги секли на малки части; разтрошавали и тъпчели с нозе свещените съдове, които имали на себе си свещени изображения.
Църквата "Св. Богородица" във Влахерна била украсена по стените с живопис, представляваща целия земен живот на Спасителя. По повеля на императора всички стенописи били премахнати. Константин Копроним отишъл още по-далеч от баща си: той заповядал да изхвърлят от храмовете светите мощи и на беззаконния събор, свикан в Цариград, постановил иконите да се считат за идоли; забранил почитането на светците и на св. Богородица; забранил пророците, апостолите и мъчениците да бъдат наричани светци. Всички, които се противят на тия разпореждания, да се считат еретици наравно с Арий, Несторий и Евтихий. След това започнало страшно гонение против монасите. Византийските манастири запустели. Монасите били затваряни в тъмница.
Императорът знаел за мъдростта и светостта на Стефан и затова желаел да го склони към своите разбирания. Той пратил при него доверено лице с богати дарове и с поръчение да го уговори да подпише определението на събора, но Стефан категорично отказал:
- Няма да подпиша определението на вашия беззаконен събор! Не мога да нарека горчивото сладко, нито тъмното светлина. Аз съм готов да умра за истината и с радост ще пролея до последна капка кръвта си за иконата на моя Спасител.
Тоя отговор разярил царя. Царедворците се нахвърлили на Стефан и искали да го хвърлят в морето, но Копроним заповядал да го затворят в тъмница. В тая тъмница мъченикът намерил повече от триста затворници, заключени, както и той, за почитане на иконите. Всички вече били претърпели тежки мъчения и очаквали смърт за твърдостта си във вярата, но се утешавали чрез молитва и упование на Бога.
Идването на св. Стефан още повече повдигнало духа на затворниците. И денем, и нощем тъмницата кънтяла от молитви и псалмопения. Тя повече приличала на храм, отколкото на затвор. Много народ се трупал около тъмницата, за да получи благословия или съвети от преподобния, или пък да се помоли за ония, които така мъжествено страдали за светата истина.
Съобщили на царя за това. Той заповядал да изведат Стефан от тъмницата и да го предадат на смърт. Иконоборците го влачили по улиците, като го обсипвали с хули и му нанасяли жесток побой. Най-после един от тях му нанесъл тежък удар по главата и сложил край на живота му. Това станало в 767 година.