След Освобождението на България, Македония и Одринско остават в пределите на Османската империя по волята на западноевропейските Велики сили. На 23 октомври 1893 година организацията е създадена в Солун от Д. Груев, д-р Хр. Татарчев, П. Попарсов. Нейната цел е да върне политическата автономия на Македония и Одринско според обещаните реформи в член 23 на Берлинския договор.
Гоце Делчев влиза във ВМОРО през есента на 1894 г. Принципите на българското националноосвободително движение и структурата на БРЦК са заложени в основите на организацията.
Година по-късно през 1895 г. тя започва да изгражда комитети в Одринско. Четническата структура е изградена по идея на Гоце Делчев. Първоначално се предвижда за всяка околия да има по една или по няколко чети, които да се заемат не само с организационна дейност, но и с агитационна.
Под ръководството на Ст. Михайловски и ген. Ив. Цончев, през есента на 1902 година ВМОК организира въстание в Горноджумайско. Въстанието е потушено като турските власти удрят почти цялата комитетска мрежа на организацията, функционираща по поречието на река Струма.
В началото на 1903 г. ВМОРО свиква Солунския конгрес, по време на който е взето решение за въстание. На 21 април 1903 година в престрелка загива Гоце Делчев, когато четата му е обкръжена в село Баница, Серско.
Въстанието в Македония избухва на 2 август (нов стил) 1903 г. Бунтът там дава тласък на движението и в Одринска Тракия. На 18 август по нов стил е обявена Странджанската република. Тогава са освободени днешно Царево (Василико), Ахтопол и други по-малки селища в Странджа. Въстаниците успяват да изтласкат турските части към Малко Търново и Лозенград.
След избухването на въстанието в Одринско голяма част от комитетите на ВМОРО са унищожени. Турските власти изразходват големи ресурси за потушаването на бунта. Въстаниците постепенно изчерпват силите си срещу 350-хилядната турска войска.
Общо 994 са загиналите въстаници, а 4694 души мирно население са избити, изклани и изгорени. Според историческите данни 3122 жени и моми са изнасилени от турските войници, а други 176 са пленени. 70 835 души губят домовете си, а около 30 хиляди търсят подслон в България. От турска страна жертвите са 5325 войници.
