Император Юлиан Отстъпник (361-363), чувайки за свети Тимотей, го затворил, но дори и там светецът продължил да проповядва Евангелието и безстрашно да разпространява християнската вяра. Тогава императорът заповядал светецът да бъде обезглавен. Впоследствие светите мощи на епископа били пренесени в Константинопол.