Но врагът на човешкото спасение подигнал духовна борба против него, която той не издържал и напуснал Св. Гора. А оттам нататък дяволът вече го довел до пълно отчаяние и до приемане на мохамеданската вяра. Прокопий отишъл при кадията на гр. Смирна и заявил, че се отрича от Христа. Обаче когато подир 15 дни той бил обрязан по мохамедански обичаи, изведнъж така силно се смутила съвестта му, че той не издържал нейните угризения и се отправил при един християнски духовник, атонски йеромонах, на когото открил своя голям грях и своята решимост да го изкупи чрез мъченичество.
Духовникът го посъветвал да поеме по-добре умерения път на монашеското покаяние на св. Гора Атонска, но Прокопий решително помолил той да го благослови за мъченически подвиг. Той се подготвял 15 дни с пост и молитва, като често идвал за съвет при духовника. В последния ден те заедно изпели молебния канон на св. Богородица и Прокопий в турско облекло отишъл при съдията, пред когото хвърлил от главата си зелената чалма, смело изповядал Христа и проклел Мохамеда.
За тази постъпка турците го набили жестоко и го хвърлили в затвор. После те опитали да го привлекат с обещания за високи служби, но всичко било напразно. Светият мъченик благодушно отговорил, че дори да му подарят целия свят, то и тогава не биха могли да променят твърдото му намерение.
Последвала смъртна присъда. Безстрашното мъжество на мъченика смутило турците и никой от тях не дръзвал да му отсече главата. За тази цел бил повикан един свиреп отстъпник от християнската вяра.
Свети преподобномъченик Прокопий Варненски пострадал на 25 юни 1810 година в гр. Смирна.