Св. Кирил бил възведен в сан йерусалимски архиепископ в царуването на Констанций (337-361 г.), един от синовете на Константин Велики. През време на неговото епископство на 7 май 351 г. станало в Йерусалим чудесното явление – поличбата на кръста Господен на небето. Описвайки това чудо, св. Кирил се стараел да предизвика у императора чувство на истинско благочестие. Увещанията му останали безполезни. Той си навлякъл гнева на царя и бил подложен на гнет и изгнание.
По това време в Юдея се появил страшен глад. Св. Кирил, изпълнен със състрадание към бедните, щедро им помагал и раздал по такъв начин всичкото си имущество. Това благородно дело било представено изопачено пред императора и св. Кирил бил свален архиерейския стол и заточен. Той се върнал от заточение, когато император станал Юлиан, който обявил пълна веротърпимост и върнал от заточение всички изгнаници.
В краткото си царуване Юлиан (361-363 г.) употребявал всички средства, за да унищожи християнството и да възстанови езичеството. Той се стараел да лиши християните от възможност за просвета, забранявал им да имат училища, отнемал доходите от християнските храмове и с тия пари съграждал и украсявал езическите капища и устройвал при тях училища и болници. Той облагодетелствал юдеите, само защото те били врагове на християните.
Ободрени от покровителството на императора, юдеите започнали да се отнасят към християните с най-голямо презрение и да им нанасят всякакви оскърбления.
Между това юдеите усърдно се заловили за работа: очистили мястото на предишния храм и започнали да приготвят материали за основите. Изведнъж земетресение, придружено от буря и вихър, разтърсило всичко и разхвърлило приготвените материали. Бурята и земетресението били придружени от странно явление: огън излизал на кълба от земята, обгарял работниците и оставял на телата и дрехите им знака на кръста. Ужасени от чудесната поличба, мнозина от юдеите познали силата на Христа и приели християнската вяра. Когато разбрал за станалото, Юлиан се разгневил, забранил да споменават за него като за нещо необикновено. Той отстранил свети Кирил от Йерусалим.
След смъртта на Юлиан свети Кирил се върнал, но отново бил изгонен от императора Валент, ревностен привърженик на Ариевото лъжеучение.
Архиепископът бил освободен при Теодосий Велики и управлявал паството си до смъртта си в 386 година.
