Роден е вероятно през 876 г. в село Скрино край Дупница и умира на 18 август 946 г. Живее по времето на княз Борис I и цар Симеон I Велики. Най-активните му години са при царуването на цар Петър I (927-969). Основният му празник в православния календар е Отчовден на 19 октомври. До 25-годишна възраст Свети Иван Рилски е пастир. Но в неговото сърце винаги гори любовта към Бога и желанието да му се посвети изцяло. Първоначално рилският чудотворец постъпва в манастира „Св. Димитър", под връх Руен във Влахина планина.
Там придобива богословско образование, изучава богослужебните книги, получава духовнически сан и се подготвя за великата си духовна мисия. Приел монашество, той се отдава на пост и молитва, като се установява първоначално във Витоша, а по-късно в най-високата и безлюдна българска планина Рила, където по-късно основава едноименния манастир. Там той извършва множество чудеса, помага на хората в нужда, изцерява от тежки болести. Славата му се разнася далеч от Рила планина, из пределите не само на България, но и на Европа. Българският цар Петър I изминава цялото разстояние от 440 км от столицата Велики Преслав до Рила, за да се срещне с него. Монахът обаче не пожелава да се запознае с владетеля поради смирение. Той приема плодовете, но не и златото, което държавният глава му предлага, като само му се покланя отдалеч. Това още повече увеличава славата му и към него заприиждат ученици от цяла България.
След смъртта си през 946 г. Св. Иван Рилски е погребан близо до основаната от него Рилска обител, но скоро след това Петър нарежда мощите му да бъдат пренесени в град Средец, днешна София. Вероятно тогава този първи и най-велик български светец е канонизиран.
Византийският писател Георги Скилица свидетелства, че в Средец мощите му излекуват византийския император Мануил I Комнин (1143-1180).
През 1183 г., по време на поредната унгарско-византийска война, унгарският крал Бела III превзема Средец и отнася мощите на свети Иван в своята столица Гран (Естергом). Според преданието местният римокатолически архиепископ заявява, че не му е известно да съществува такъв светец, за което св. Иван го наказва с онемяване. След като се прекланя пред мощехранителницата и иска прошка, говорът му се възстановява. Впечатлени и обезпокоени от това чудо, през 1187 г. унгарците връщат мощите на светеца в България.
На 1 юли Църквата празнува връщането на мощите на св. Йоан Рилски от Търново в Рилската обител. През 1195 г. цар Иван Асен I тържествено ги пренася в столицата Търново. През 1469 г., след като получават разрешение от султана, монасите от Рилската обител донасят мощите на светеца от Търново в основания от него Рилски манастир. И днес всеки вярващ може да целуне ръката на св. Иван Рилски, чиито нетленни мощи се намират в специална ракла пред иконостаса в главната църква на манастира.
На днешния ден се отбелязва и Денят на българския лекар. Той се чества от 1996 г., когато Българският лекарски съюз избира за покровител на медиците Св. Иван Рилски. Според преданието най-великият български светец е извършил много чудеса, както приживе, така и подир смъртта си. Именно заради това и българските лекари са избрали светеца за свой закрилник. На 19-ти октомври по традиция се връчва и отличието "Лекар на годината".
