След трагичната смърт на цар Самуил на 6 октомври 1014 г. от сърдечен удар, когато видял пленените и ослепени български войници, на трона севъзцарил син ът му Гавриил-Радомир. Византийското коварство подстрекавало братовчед му Иван-Владислав, който го убил и заел престола.
Новопровъзгласеният владетел Иван Владислав се страхувал от отмъщение или от законните права на Йоан-Владимир и го поканил при себе си чрез посредничеството на Охридския архиепископ Давид уж за мирни разговори. Кроткият и незлобив Йоан-Владимир повярвал на църковното пратеничество и приел поканата. Но още при самото пристигане в столицата, Иван-Владислав изпратил убийци да му отсекат главата. И понеже мечът поради някаква причина не могъл да уязви Йоан-Владимир, той кротко подал на убиеца своя меч с думите: „Искаш да ме убиеш, брате, но не можеш. Ето моят меч! Готов съм да бъда убит, както Исак и Авел!“
Злодеят го посякъл. Тогава станало чудо. Светият мъченик се втурнал с посечената си глава в ръце и влязъл в близката църква, в която вече паднал и предал на Господа светата си душа на 22 май 1016 г. Жена му отнесла тялото му в неговите владения и тържествено го погребала в църквата, при която сама завършила живота си в пост и молитва.
След две години убиецът Иван-Владислав умрял от внезапна страшна смърт чрез невидима ръка и България паднала под византийско робство за 168 години. Нетленните мощи на св. Княз Йоан-Владимир са прославени с изтичане на целебно миро и с извършване на чудеса. Те се намират в град Елбасан (Албания).