В това време твърде много се засилила иконоборческата ерес. Лъв Исаврянин и синът му Константин V Копроним яростно преследвали почитателите на светите икони. Из църквите и домовете изнасяли светите икони и ги изгаряли по площадите или ги съсичали, разтрошавали и тъпчели с нозе свещените съдове, които имали на себе си свещени изображения.
Църквата "Св. Богородица" във Влахерна била украсена по стените с живопис, представляваща целия земен живот на Спасителя. По заповед на императора всички стенописи били премахнати. Константин Копроним отишъл още по-далеч от баща си. Той заповядал да изхвърлят от храмовете светите мощи и на беззаконния събор, свикан в Цариград, постановил иконите да се смяттат за идоли. Забранил почитането на светците и на св. Богородица, пророците, апостолите и мъчениците да бъдат наричани светци.
След това започнало страшно гонение против монасите. Византийските манастири запустели. Монасите били затваряни в тъмница.
Императорът знаел за мъдростта и светостта на Стефан и затова желаел да го склони към своите разбирания. Той пратил при него доверено лице с богати дарове и с поръчение да го уговори да подпише определението на събора, но Стефан категорично отказал. Императорът заповядал да затворят Стефан в тъмница. Но скоро подир това врагове неочаквано нападнали империята и Копроним, боейки се от Божия гняв, освободил праведника.
Щом утихнала войната, гонението било подновено с още по-голяма сила и целият гняв се излял върху Стефан. Разорили обителта му, а него самия, след тежки изтезания, заточили на остров Проконис, но нищо не могло да победи твърдостта на светия мъж. Тогава императорът го извикал при себе си и спорил дълго с него, стараейки се да го склони към своите разбирания, но отново не успял, заради което Копроним заповядал да го затворят в тъмница. Там мъченикът намерил повече от триста затворници, заключени, както и той, за почитане на иконите.
Идването на св. Стефан още повече подвигнало духа на затворниците. Когато съобщили на царя за това, той заповядал да изведат Стефан от тъмницата и да го предадат на смърт. Иконоборците го влачили по улиците като го обсипвали с хули и му нанасяли жесток побой. Най-после един от тях му нанесъл тежък удар по главата и сложил край на живота му. Това станало в 767 година.
