Поради изявената му природна надареност, добросъвестност, трудолюбие и благочестие котленските първенци избрали Стойко за енорийски свещеник. На 1 септември 1762 г. той бил ръкоположен на 23-годишна възраст от Шуменския гръцки архиерей Гедеон. Съдбовна се оказала срещата му с Паисий Хилендарски в 1765 г. в Котел. Паисий му показал своята „История славяноболгарская“, от която поп Стойко Владиславов прави първия препис, известен като Софрониев.
През 1774 г. , воден от силно желание за поклонение пред православните светини в Атон, поп Стойко се отправил към Св. гора. Тук младият котленски свещеник престоял 6 месеца. След завръщането си в България бил назначен за учител в Котел, където изтърпял непоносими унижения и страдания от местния турски началник на стражарите. През 1792 г., поп Стойко напуснал родния Котел и се отправил към съседната Анхиалска (Поморийска) епархия. Тук гръцкият епископ Иоаким го приел с радост и го назначил за енорийски свещеник в Карнобат с още 12 села.
Но новият началник на стражата в Карнобат - Сербезоглу , ненавиждал българския свещеник, и го заплашил, че ще бъде набит на кол. Невинният страдалец успял да се спасил като по чудо.
Скоро обаче поп Стойко си навлякъл гнева на татарския султан Ахмет Герай, заради това, че в Карнобат венчал една българска девойка за български момък. Разгневеният султан го заплашил със смърт и едва не го обесил на една върба. След това изпитание през 1794 г., се отправил за село Арбанаси в Търновския край. Два месеца прекарал поп Стойко в Къпиновския манастир, където станал игумен.
По същото време в Търново бил дошъл болният Врачански епископ Серафим, който наскоро починал. Заради честите проповеди на говорим български език, новият къпиновски игумен Софроний спечелил всеобщо уважение и бил единодушно избран от епископския съвет при Търновската митрополия.за Врачански епископ
Така през 1794, въпреки лютата зима и големия студ, новоизбраният Врачански епископ се отправил за престолния си град Враца, за да бъде там за Рождество Христово. Тук обаче го очаквали нови премеждия - поверената му Врачанска епархия била опустошена, а жителите ѝ се разбягали. През ноември 1798 г. епископ Софроний в продължение на 24 дни се криел от турската и арнаутската войска в една пещера из околностите на Черепишкия манастир заедно с тамошните монаси, при което се и поболял.
Софроний Врачански престоява във Видин три години този период е важен за изясняване на целите му като писател. През 1803 г. заминава за Букурещ, където пише най-добрите си творби -„Кириакодрумион, сиреч неделник“ , „Неделное евангелское толкование“, „Житие и страдание грешнаго Софрония” и „Възвание към българския народ“, които го превръщат в най-видния представител на българската литература от началото на XIX век.
Последните години от живота си прекарва в един манастир край Букурещ. Неизвестна е датата на смъртта (датира се по последния подписан документ от 2 август 1813 г.).
На 31 декември 1964 г. от Българската православна църква го канонизира (обявява го за светец) и почита паметта му на 11 март.
