Лопушанският манастир има богата и изключително интересна история, датираща още от Второто българско царство. Манастирът е унищожаван и възстановяван многократно, като последното му въздигане започва през 1850 г. Тогавашния игумен на манастира Дионисий изпраща майстор да види градежа на Рилския манастир и да построи такъв и край Лопушна.
През 1859 г. е положен основният камък на храма, миряни правят дарения и работят доброволно на строежа. Храмът има 5 кубета, три иконостаса и околовръстен открит нартекс с колонада.
През Възраждането в Лопушанския манастир действа килийно училище, а
обителта е средище на националноосвободителните и църковните борби.
Манастирът се превръща в любимо място на Иван Вазов и по време на
пребиваването си там той създава част от романа си "Под игото".