Заради изобличенията си срещу императрица Евдоксия свети Йоан бил отстранен от архиепископския пост и на два пъти бил пращан на далечно заточение, за да не могат привържениците му да общуват с него. Това не пречупило духа на истинския духовен пастир и пламенен защитник на православната вяра и високата нравственост. Но телесните му сили се изчерпвали. По пътя към мястото на второто заточение светецът починал на Кръстовден 407 г. в Комана и там бил погребан.
Тридесет години след кончината му Цариградският архиепископ Прокъл произнесъл възторжена проповед за живота и делото на своя духовен отец и учител. Така се възстановила паметта за бележития архиепископ, църковен писател и отличен проповедник, златоустия Йоан. И по искане на народа император Теодосий Младши, син на Евдоксия, разпоредил мощите на светеца да бъдат пренесени в Цариград. По време на пренасянето много болни, които се докоснали до раклата, се излекували. А когато мощите пристигнали в столицата, били посрещнати от многохилядно множество, начело с клира и императора. Поставили ги в храма "Свети апостоли".
По време на Четвъртия кръстоносен поход, когато през 1204 г. Цариград бил завладян, мощите на свети Йоан били отнесени на запад, но през 2004 г. папа Йоан Павел Втори върна част от тях и те се пазят в патриаршеския храм "Свети Георги" във Фенер.
