Манастирът се прочу преди няколко години с изписаните на стените му наред със светците лица на скандалния банкер Цветан Василев и съпругата му. Скоро, след като скандалът гръмна, монасите замазаха ликове им.
Във въпросната обител, която сега се оглавява от отец Никанор, се служи по стария календар без писмено разрешение от Светия синод.
В писмото си патриарх Неофит заявява, че благославя занапред там да се служи само по общоприетия в БПЦ църковен календар, за да не се допускат разделения в епархията. Светейшият допълва, че рeшението му е в резултат на многобройни оплаквания от страна на миряни, които отиват там на поклонение за определен празник, но се оказва, че там по това време не служат литургия, тъй като се водят по друг календар.
„Във връзка със зачестили оплаквания и жалби в Софийска св. митрополия от поклонници на поверения ви Църногорски манастир „Св. св. Козма и Дамян“ относно отслужването на празничните богослужения и предвид редица неканонични действия, извършени напоследък от групи, представящи се като „ревнители на благочестието“ с акцент върху т. нар. „стар стил“, препоръчваме и благославяме занапред богослуженията в манастира, заедно с прилежащите му параклиси и скитове, да се извършват съгласно общоприетия от Българската православна църква − Българска патриаршия църковен календар. Настоящето ви свеждаме за сведение, съобразяване и изпълнение с цел запазване на единството във вярата на православните християни в богохранимата Софийска епархия, съгласно думите на Спасителя: „Да бъдат всички едно“ (Йоан 17:21)“ гласи дословно писмото на патриарх Неофит.