Агапий е роден в солунското село Колиндър около 1790 г. Назначен е за епископ във Враца през 1833 г. Градът под Околчица е и мястото на неговата мъченическа смърт. Той загива на 13 октомври 1849 г., убит от турчин в Храм "Св. Възнесение", където и до днес е гробът му.
Епископ Агапий Врачански е щедър дарител на църкви и училища. По негова инициатива се откриват първите девически училища във Враца и Плевен. С неговото спомоществователство отваря врати и първото училище в родното му село.
Епископ Агапий подпомага възстановяването на Храма "Св. Възнесение" във Враца. В знак на признателност и заради мъченическата му смърт врачани го погребват в централната част на същия храм, пред самия олтар, което се прави изключително рядко.
