Манастирът е построен по времето на цар Иван Шишман. Съществуването на светата обител се свързва със средновековния град с името „Коритен град“, който е близо до феномена Ритлите. Според преданието, тук са се водили люти битки с турските нашественици. След време костите на загиналите са били струпани в местността на днешния манастир. От тук идва и неговото име. Както повечето български манастири, Черепишкият манастир е изгарян и опустошаван неколкократно. В началото на 17 век манастирът е бил обновен от иконописеца Пимен Зографски. Тогава е издигната и сегашната църква. През Възраждането в манастира се развива богата книжовност. Църквата, макар и преустройвана, е запазила вида си от далечния 17 век. Вътрешността ѝ изцяло е покрита със стенописи, рисувани около 1840 г.
В създаденото килийно училище са писани и преписвани книги, жития и евангелия, като някои от тях са запазени и до днес, като – „Черпишкото евангелие” от 16 в. със златни корици и украсено с библейски сцени и „Данаиловото евангелие” преписано през 1616 г. от монаха Данаил и съхранявано сега във врачанската църква „Св. Никола”. От Черепишкия манастир е излязъл един от най-старите оцелели български ръкописи – манастирският устав писан през 14 в. Днес този ръкопис се съхранява в Църковния историко-археологически музей в София.
Манастирът впечатлява посетилите го миряни, не само с красивите гледки в него и покрай него, но и със своята дълга и богата история. Вярващите, прекрачват манастирската порта с надеждатаивярата на поклонника, търсещи под стръмните скали утеха и душевен мир. Заслушани в шума на Искъра и думите на престарели монаси, отварят ума и душата си, за да се докоснат до спокойствието и енергията на свещената земя.
В годините на Българското възраждане Черепишкият манастир е бил важно просветно средище. През 1797 г.там намира убежище Софроний Врачански, яркото светило в родната ни история. Будител, част от духовната спойка на нацията, моралният коректив и духовната мяра в нашето общество.
Във време на преврати и несигурност, манастирът се превръща във важна точка за осъществяване на срещи между видни личности. В него е основан и Лютибродския революционен комитет от игумена на манастира Епифаний. Манастирът е посещаван и от членове на Врачанския революционен комитет, които обсъждали стратегии и планове, които водят след себе си горди подвизи.
Манастирът постепенно се разраства и в първата половина на 19 в. са построени някои нови постройки, като „Методиевото здание”, Владишката сграда, старата игуменарница, Рашидовата къща, училището, Данаиливата сграда, параклисът с костницата и камбанарията.
Свещено място, което пази дълбока история за велики дела. Когато си там, можеш да усетиш спокойствието на хилядите души, които са останали, като пазители на светата обител.
Манастирската църква е малка, еднокорабна с абсида. В нея могат да се видят интересни старинни стенописи, които са уникални за времето в което са правени.
Една от традициите в този манастир е харизването на деца, свързана с вярата за чудодейната животворна сила на светата обител. Младите майки са донасяли невръстните сирожби и са ги „харизвали” (обричали) на Божията майка за здраве и закрила. В манастирските регистри могат да се прочетат имената на над десет хиляди „харизани” от цялата страна.
През вековете са се запазили много от постройките, до които иднес миряните могат да се докоснат и да усетят дълбоката връзка с историята, вярата и Бога.
На видно и високо място в двора на манастира се издига величествена Кула костница. Тя е малка постройка с купол, която привлича погледите още със самото влизане. Там почиват костите на Боголюбиви и заслужили люде. Нависоко, близо до Бога, чистите души могат да потънат в своя покой и да открият мир в друг живот. Предполага се, че в нея са прибрани и костите на дванадесетте Ботеви четници, убити в Рашов дол на 21 май 1876 г., след смелостта която са показали, били се до последен дъх и дали живота си за родината.
