През 1880 г. Министерството на просвещението внася в Народното събрание проект за Основен закон за училищата в княжество България. В него се предвижда „след изпълване курса на реалните и класическите гимназии да се отвори българско висше училище (университет), което да обхване юридическите, философските, естествените, медицинските и техническите науки“.
През 1887 г. министърът на просвещението Т. Иванчев издава Наредба за откриване на педагогически клас към Първа мъжка гимназия в гр. София. Занятията започват на 1 октомври 1888 г. На 8 декември 1888 г. Народното събрание взема решение за преобразуването му във Висше училище, който влиза в сила на 1 януари 1889 г., когато е публикуван Указ № 159 в Държавен вестник. За пръв Ректор е избран Александър Теодоров-Балан. В приетия временен правилник се предвижда функционирането само на Историко-филологическо отделение. През учебната 1889/1890 г. се открива Физико-математическото отделение, а през 1892 г. се открива Юридическият факултет.
През 1894 г. е приет нов закон за Висшето училище и с указ се преобразува в университет под името „Български университет братя Евлогий и Христо Георгиеви от Карлово” с три факултета: Историко-филологически, Физико-математически и Юридически. В периода от 1918 до 1923 г. се откриват 4 нови факултета - Медицински, Агрономо-лесовъден, Богословски, Ветеринарно-медицински. През 1938 г. Софийският университет вече има 7 факултета, 72 института, клиники, семинари, значителен библиотечен фонд и собствено научно списание. Софийският университет „Св. Климент Охридски“ става един от авторитетните научни центрове на Балканите.
В периода 1947-1952 г. Народното събрание приема закони, с които отделя факултети и институти от структурата на университета. Някои от тях поставят началото на нови, самостоятелни висши училища като Висшия икономически институт, Медицинска академия, Ветеринаро-медицинския институт, Селскостопанската академия, а други преминават в системата на БАН. През последните години някои от тези звена са възстановени в структурата на университета (Богословски факултет, Медицински факултет). Образуван е и нов Стопански факултет. През 2012 г. Химически факултет е преобразуван във Факултет по химия и фармация.
През 1900 г. е приет и правилникът за Библиотеката при Висшето училище. През 1905 г. започва да излиза Годишник на Университета с официален и научен дял, в който се публикуват закони, правилници, разписи за лекции и научни трудове на университетските преподаватели. Университетската библиотека „Св. Климент Охридски” е първата университетска и най-голямата научна библиотека в България. През 1925 г., с приемането на Закона за депозита, тя става третата библиотека в страната, която получава безплатен екземпляр от всяко издание.
Днес Университетската библиотека притежава богат многоотраслов фонд, който наброява над 2 510 000 библиотечни единици – научна и учебна литература, редки и ценни издания, периодика, електронни носители на информация и др. Изключително богата е сбирката от старопечатни, редки, ценни и уникални издания. Ежегодно се набавят над 20 000 библиотечни единици и се обслужват повече от 30 000 читатели с над 340 000 библиотечни материали. Тя предлага услуги, съчетаващи традициите и модерните технологии, които изграждат облика й на съвременен библиотечно-информационен, културен и образователен център. Нейната мисия е библиотечно-информационно осигуряване на всички свои читатели, креативно участие в развитието на Софийския университет и във формирането на информационната компетентност на многобройните си потребители.
От 1902 г. е учреден празникът на патрона на университета св. Климент Охридски. В Правилника на Университета от 1905 г. за пръв път е записан текстът, че 25 ноември, денят на св. Климент Охридски, става патронен празник на Университета. От 1916 г. в резултат на официалното приемане на Григорианския календар в България годишният празник на Университета започва да се чества на 8 декември. Така с годините най-старото и престижно висше учебно заведение в България създава и утвърждава 8 декември като символна дата на университетската празничност.
От началото на 1935 г. Софийският университет официално започва да носи името на своя патрон. След 1968 г., когато Българската православна църква връща стария стил на Юлианския календар, денят на св. Климент Охридски отново става 25 ноември и от 90-те години на ХХ в. е патронен празник само на Софийския университет. Осми декември остава светска дата и продължава да обединява българското студентство в страната с изключително популярния му празник. Преподавателите и студентите от Софийския университет „Св. Климент Охридски“ честват два академични празника – патронния и общостудентския, съдържащи общ произход.
Постепенно Софийският университет „Св. Климент Охридски“ става един от авторитетните научни центрове на Балканите, напълно развит европейски тип университет.
