След избухването на Втората световна война и бомбардировките над София пострадват и семинарските сгради. Така част от пансионното имущество на Софийската духовна семинария е евакуирано на различни места из страната, сред които и Черепиш, където до 1947-ма временно са преместени и част от класовете на Академията.
Животът на семинаристите в Искърското дефиле продължава до 1990-та, когато с министерско постановление Духовната академия си възвръща имотите в София. От елитното духовно средище, в което са учили патриарх Неофит и редица родни митрополити, сега се издигат само стени.
Врачанският митрополит Григорий положи началото на възстановителни дейности и благослови делото, като отслужи молебен. Той изрази надеждата си храмът да може да бъде съхранен и запазен за идните поколения.
Стените на църквата са изградени от тухли. Отвън са облицовани с плочи от балчишки камък, а отвътре са били богато изрисувани. Все още могат да се видят запазени стенописи на Св. Софроний Врачански, солунските братя Кирил и Методий, Паисий Хилендарски и много други духовни наставници и будители.
Павел Павлов е един от инициаторите на христолюбивото дело. Завършил преди 35 години Духовната семинария в Черепиш, сега той е преподавател в Богословския факултет в Софийски университет „Св. Климент Охридски“.
„От няколко години ние говорим за нашата църква в Черепишката семинария, посветена на „Св. Климент Охридски“. Миналата есен поназряха повече инициативи, които се опитваме сега да канонизираме. Беше много важна подкрепата и благословията на Врачанския митрополит Григорий и това е ключово, за да можем днес да се съберем и да започнем работа по възстановяването.
На втори март т.г. направихме една работна среща с митрополит Григорий, заедно с инженери и архитекти, за да изготвим план кое най-напред трябва да се свърши. Ще се наложи да бъде направен един дренажен канал, защото църквата се свлича при силни дъждове, обясни Павел Павлов. Ще помислим и как може да оправим покрива на църквата. Ще трябва да разчистим отвън и вътре в нея. По мнението на инженерите трябва да го направим преди да се раззелени, защото тогава ще бъде много по-трудно за влизане и разчистване. Това е и причината да можем толкова рано да се съберем, още по време на Великия пост.
Имаме представители на няколко випуска от 80-те години. Идеята ни е да не правим някакви грандиозни неща, а със силите и възможностите на випуските, които са учили тук, както и тези след това в Софийската семинария да укрепим и възстановим нашата семинарска църква. Искаме да се включат максимално хора, които имат отношение към Семинарията – учили са тук, техни близки, семейства, но разбира се всяка помощ е добре дошла. Нашето желание е да се погрижим за запазването на паметта на нашата мила семинария на гара Черепиш и по възможност да съхраним църквата посветена на „Св. Климент Охридски“.
Представителите на бившите випуски в Духовната семинария ще се опитат да възстановят и запазят храма за богослужения. Предвижда се и облагородяване на мястото около църквата. За момента няма да бъде извършен ремонт и реконструкция на другите сгради в бившата Семинария, но при намирането на достатъчно средства те ще бъдат възстановени.
