Черният щъркел е вид, защитен от Закона за биологичното разнообразие. Включен е в Червената книга на България. За преследване, обезпокояване, унищожаване или колекциониране на яйца, вземане на намерени мъртви птици, препариране, продажба, изнасяне зад граница и др. са предвидени големи глоби. Поради ликвидирането на по-голяма част от местообитанията му вследствие изсичането на горите, урбанизацията на ландшафта и замърсяването на реките, съществува реална заплаха за изчезването му от българската фауна.
За разлика от белия щъркел, който живее предимно в равнините и гнезди често в селищата сред хората, черният щъркел обитава дивите и тихи вековни гори и скалните проломи далеч от хората. Размножителният период обикновено е през пролетния месец май.
В последните години се наблюдава все по-често оставане на отделни групи черни щъркели в България.
