На 16 септември експерти на РИОСВ - Враца установиха, че реката е силно замърсена от тиня и наносни отложения и се усеща остра миризма. При проверката е констатирано, че е извършено неправомерно изпускане на наносни отложения, натрупани във водното огледало над централата, чрез отваряне на дънен савак. В резултат на това огромно количество тиня се е оттекло в реката и причинило задушаване на рибата.
Тези констатации бяха потвърдени и при проверка на Басейнова дирекция "Дунавски район". От РИОСВ - Враца издадоха предписание да се почисти терена от тинята, с цел създаване на условия за възстановяване на екосистемите.
При проверка на 23 септември БДДР - Плевен постави пломба на савака в отворено положение за осигуряване непрекъснатост на реката. При последваща проверка е констатирано, че не е нарушена целостта на пломбата и река Ботуня протича свободно през дънния отвор.
