Манастирът е многократно опожаряван, разрушаван и наново съграждан от християнското население.
Легендата разказва, че през 17 век шестима монаси се заселват тук с намерението да възстановят обителта. Скоро след това разгромени бунтовници от Берковица, подкрепящи Чипровското въстание, потърсили убежище при тях. Така гневът на поробителите се изсипал върху монасите. Те били убити и изгорени на около 100 метра от манастира. На мястото бликнал лечебен извор и поникнали 6 бука.
В манастира има музей, в който се съхраняват вещи на първия екзарх Антим I, стари свещени книги и други ценни църковни предмети.
През Възраждането манастирът е възстановен от йеромонах Антим, със светско име Александър Дамянов, от Берковица. През 1869-а г. той построява магерницата, а след това параклиса "Свети Никола" и ааязмото.
От1887- а до 1890- а г. върху малък хълм в двора на манастира е съградена църквата "Св. равноапостоли Кирил и Методий". Сградата е с три абсиди, трикорабна, кръстокуполна с един централен купол осем стенен барабан.Притворът е външен с две камбанарии от двете му страни.
АрхимандритаАнтима-актитораиаигуменана манастира умира преза1922аг. Друг виден дарител на манастира е Илия Стоянов.
Църквата и манастирът са реставрирани през 1936-37- а год., в който последен вид са се запазили до днес. Реставрацията е дело на самоковски майстори, които изработват и иконостаса. Стенописитезографисват Господин Желязков, а след кончината му при падане от скелето в купола, дъщерята и зетят на художника Олга Богданова и проф. Георги Богданов. В манастира има още отделни иконописни творби на руски художници
Намира се на 85 km от София и на 9 km от Берковица. Има статут на отделно селище (с настоящ адрес). Храмовият му празник е наа11 май. Четвърти е по големина в България.
Клисурският манастир е разположен в живописна местност. Районът му е привлекателен център за почивка и разходка. Манастирът е духовен център, както и място за поклонение и общение на миряните.
От месец май 2007 година в манастира се заселват 6 монахини, българки от Вардарска Македония.
