Когато се узнало, че той е християнин, войводата го съветвал да се отрече от Христа и да принесе жертва на идолите. Исидор му отговорил, чемакар и да убие тялото му, над душата му няма власт. Той има истинния и жив Бог Иисуса Христа, който и сега живее в него и след смъртта му ще бъде с него.
Войводата наредил най-напред да бият Исидор с волски жили, а след това му отрязали езика. Но и без език Исидор чрез Божия Дух говорел и изповядвал името Христово.
В този момент и войводата бил постигнат от Божие наказание и той изведнъж онемял, но при все това не се вразумил от това наказание. Той дал знак да отсекат главата на Исидор. Това станало в 251 година.
Блаженият Йоан бил родом от България. По някакъв случай той се поддал на дяволските козни и се отрекъл от Христа. Но подир някое време той осъзнал своето голямо прегрешение и започнал да се кае за отричането си от християнската вяра.
В това душевно състояние, търсейки успокоение на своята съвест, той напуснал родното си място, дошъл в Света Гора Атонска. Тук Йоан три години прислужвал на един духовен старец. Но понеже съвестта му все още не му давала покой, той винаги бил унил, печален и мълчалив. Самият му вид показвал, че е претърпял някаква голяма злополука.
Като не могъл повече да понася угризенията на съвестта Йоан напуснал Св. Гора, дошъл в Цариград, облякъл се като турчин и в този си вид влязъл в джамията „Св. София“. Там той започнал да се кръсти и да се моли по християнски, което извънредно поразило агаряните.
Разгневени, те сурово се нахвърлили срещу него и го питали защо прави така. А той безстрашно изповядал, че е християнин, затова се кръсти като християнин и се покланя на Христа, Който е Син Божий и истински Бог.
Агаряните се опитали да го отклонят от неговата вероизповед, но като се убедили, че тя е непоколебима, те веднага му отсекли главата вън в двора на „Св. София“. Това станало на 5 март 1784 година.
Така блаженият Йоан получил светъл мъченически венец от Христа Бога на 19-годишна възраст.