Срещу прекратяването вече има постъпили жалби в Софийския градски съд. Той се е произнесъл по две от тях, като е потвърдил постановлението на военния прокурор Едуард Владимиров. До момента има още 90 такива жалби. Абсолютната давност по делото, което е образувано през 1991 г., отдавна беше изтекла и през последните години съдът няколко пъти указва на държавното обвинение да го реши.
Всъщност прокуратурата два пъти внася обвинителен акт – през 1994 г. и 1998 г., но и двата пъти делото е връщано за доразследване. Първоначално обвиняеми по него за подбуждане на етническа дискриминация и омраза са Тодор Живков, Димитър Стоянов, Пенчо Кубадински и Георги Атанасов. След това обвиненията са преквалифицирани за военни длъжностни престъпления, като обвиняеми са останали Живков, Стоянов и Атанасов.
От май 1998 г. делото вече е във Военно-окръжната прокуратура в София, която до 2003 г. успява да издири имената и адресите на 446 българи от турски произход или техни наследници, които са били в „Белене“, както и да разпита 312 от тях. Останалите 134 пострадали обаче, повечето от които са в Турция, така и не са открити, въпреки опитите със съдебни поръчки. През 2003 г. тогавашният зам.-главен прокурор Христо Манчев заяви, че разследването фактически е завършено, но неизпълнимите указания на съда за разпит на всички пострадали са пречка за внасянето на обвинителен акт.
През септември 2018 г. Софийският градски съд задължи прокуратурата в едномесечен срок да реши съдбата на разследването. В резултат на това делото беше спряно. А сега вече е прекратено поради смъртта и на последния обвиняем.
Преди година прокуратурата беше осъдена да плати обезщетение заради неприключилото дело за Възродителния процес. СГС реши, че държавното обвинение трябва да изплати 80 хил. лв., тъй като със своите действия и бездействия, които противоречат на основните принципа на Конвенцията за защита правата на човека за разглеждане и решаване на делото в разумен срок, е нанесло вреди. Според съда доводите на прокуратурата за това колко сложно е делото са несъстоятелни, тъй като за 29 години то е трябвало да бъде финализирано.
