Турнирът за Купата на Аматьорската футболна лига е основан през 1994 от БФС. В него могат да участват всички желаещи аматьорски футболни клубове, които имат представителни отбори във Трета лига или областните групи.
Турнирът за Купата на АФЛ се провежда по системата на елиминиране в една среща. Ако резултатът остане равен след края на редовното време, продължения не се играят и се пристъпва директно към изпълнение на 11-метрови наказателни удари.
През 2013 година Локомотив (Мездра) спечели Купата. На финала мездренчани срещнаха отбора на Орловец (Победа). В редовното време мачът завърши наравно 1:1, но при изпълнението на дузпите локомотивци бяха безпогрешни и спечелиха с 6:5.
