На 21 април 1915 г. Сандански тръгва от Роженския манастир, където живее, за Неврокоп. Преспива в родното си село Влахи. На сутринта продължава сам. Движи се без охрана. Засадата го чака в местността "Блатата", където срещу него се стреля. Сандански пада от коня и си счупва крака, но продължава престрелката. Нападателите са 7-8 души, въоръжени с пушки. Те са от районната неврокопска чета на ВМОРО, като един от тях го заобикаля в гръб и го застрелва.
Смята се, че покушението е организирано от Стоян Филипов, а за физически убиец се сочи Андон Качарков. Съдът обаче ги оправдава поради липса на доказателства. Трупа му намират керванджии. На около 200 м източно от Роженския манастир е църквата “Св. Св. Кирил и Методий”, построена през 1914 г. Неин ктитор е самият Яне Сандански. Сега там се намира и неговият гроб. На надгробната мраморна плоча се четат думите му:
"Да живееш, значи да се бориш. Робът — за свобода, а свободният — за съвършенство."
