Средствата се осигуряват за изпълнението на дейности по следните национални научни програми: „Информационни и комуникационни технологии за единен цифров пазар в науката, образованието и сигурността“ (ИКТвНОС); „Нисковъглеродна енергия за транспорта и бита“ (ЕПЛЮС); „Опазване на околната среда и намаляване на риска от неблагоприятни явления и природни бедствия“; „Здравословни храни за силна биоикономика и качество на живот“; „Културноисторическо наследство, национална памет и обществено развитие“ (КИННПОР); „Електронно здравеопазване в България“ (е-здраве); „Млади учени и постдокторанти“; „Иновативни нискотоксични биологично-активни средства за прецизна медицина“ (БиоАктивМед).
С изпълнението на националните научни програми се цели преодоляване на фрагментацията в научноизследователската система, интеграция и консолидиране на научноизследователския потенциал, споделено използване на изградената инфраструктура, както и концентрация на финансови ресурси за решаване на важни за обществото проблеми. Основни цели на програмите са привличане на наши учени за изследователска работа в български научни и научно-образователни институции, трансферът на знания и косвеното подобряване качеството на висшето образование в страната.
