Лопушанският манастир има богата и изключително интересна история, датираща още от Второто българско царство. Манастирът е унищожаван и възстановяван многократно, като последното му въздигане започва през 1850 г. Тогавашния игумен на манастира Дионисий изпраща майстор да види градежа на Рилския манастир и да построи такъв и край Лопушна.

През 1859 г. е положен основният камък на храма, миряни правят дарения и работят доброволно на строежа. Храмът има 5 кубета, три иконостаса и околовръстен открит нартекс с колонада.

През Възраждането в Лопушанския манастир действа килийно училище, а обителта е средище на националноосвободителните и църковните борби. Манастирът се превръща в любимо място на Иван Вазов и по време на пребиваването си там той създава част от романа си "Под игото".