Иван Рилски е роден около 876 г. в село Скрино, край днешния град Дупница. До 25-годишната си възраст е бил пастир. Първоначално той постъпил в манастира "Св. Димитрий" във Влахина планина, където получил образование и приел монашеството.

Иван Рилски не останал за дълго в обителта, а се отдал на живот в пълна самота, молитви, пост и лишения. Обикалял много места из страната, докато се установил в Рила планина, където останал до края на живота си и основал едноименния манастир.

Иван Рилски починал на 18 август 946 г., на около 70 години. Погребан е в притвора на църквата на манастира, в каменна гробница, която е запазена и до днес.

Скоро след смъртта му мощите му са преместени в Сердика (дн. София), като се предполага че тогава е бил и канонизиран. През 1183 г., по време на поредната унгарско-византийска война, унгарският крал Бела ІІІ превзел Средец и отнесъл мощите на Свети Иван в своята столица Гран. През 1187 г. те са върнати в Сердика, а през 1194-1195 г. са пренесени в тогавашната българска столица Търново. От 1469 г. мощите на светеца са върнати в обновения Рилски манастир.

От 20 години насам по инициатива на Българския лекарски съюз на днешния ден се отбелязва и Денят на българския лекар, тъй като Св. Иван Рилски е обявен за покровител на медиците.